Parte dos recursos financeiros do Programa advém da verba PROAP que apoia prioritariamente trabalhos de campo dos alunos e das disciplinas, a vinda de professores externos para participação em bancas, palestras e disciplinas de Tópicos Especiais e despesas de publicação.
CAPES-PrInt – A UFRJ foi contemplada com recursos do Edital CAPES-PrInt e o PPGBot é integrante desta iniciativa na linha “Sustentabilidade e proteção à vida”, tendo sido contemplado com quatro bolsas de doutorado sanduíche de seis meses, quatro missões de trabalho, e uma bolsa de jovem talento com experiência no exterior, para o cronograma 2019-2022, além de aporte suplementar ao Grupo de Pesquisa Internacional (GDPI) Diversidade, Evolução e Biotecnologia de Algas Marinhas (DEBAM), coordenado pela Dra. Mariângela Menezes.
FAPERJ – O Programa foi contemplado no âmbito do Edital FAPERJ Nº 05/2020 – Apoio aos Programas e Cursos de Pós-graduação stricto sensu do Estado do Rio de Janeiro – 2020, FAIXA A, auxílio no valor de R$ 50.000,00 com o projeto “Biodiversidade e Conservação através de estudos botânicos multidisciplinares realizados no Programa de Pós-graduação em Ciências Biológicas (Botânica), Museu Nacional, Universidade Federal do Rio de Janeiro”.
Grande parte dos professores do Corpo Docente também capta recursos para desenvolvimento de seus projetos, e consequentemente para seus laboratórios e estudantes, a partir de editais de diversos órgãos de fomento (FAPERJ, FAPERJ Jovem Cientista do Nosso Estado, CNPq Bolsa de Produtividade em Pesquisa, CNPq-Universal, CNPq/MCTI/FAP’s PROTAX, PIBIC-UFRJ/CNPq, PROVERDE/PROPPG/UFRRJ, PIBIC/UFRRJ, IC_UNIRIO, CAPES-ANA, CAPES-PrInt, CAPES-STINT).