O Programa de Pós-graduação em Ciências Biológicas (Botânica) do Museu Nacional/UFRJ está estruturado em uma única área de concentração (Biologia Vegetal), constando de sete linhas de pesquisa, a saber: (1) Biologia Reprodutiva das Angiospermas; (2) Coleções Biológicas; (3) Comunidades Vegetais: Florística, Ecologia, Fitossociologia e Conservação; (4) Diversidade e Evolução de Angiospermas; (5) Etnobotânica (6) Morfologia de Embriófitos e (7) Taxonomia e Ecologia de Criptógamos. Em conjunto, estas linhas compreendem 19 projetos integradores (não sobrepostos), todos sob a responsabilidade de 21 docentes do Núcleo Permanente e aos quais todos os discentes de pós-graduação encontram-se vinculados.
O elenco de 45 disciplinas, 70% das quais oferecidas regularmente, abrange todas as linhas de pesquisa. As disciplinas estão distribuídas nas categorias de formação geral (30), que abrangem todas as linhas de pesquisa do Programa, e disciplinas específicas por área (15). As disciplinas obrigatórias, incluídas no bloco de formação geral, são: i) Projeto de Dissertação e Tese, para os recém-ingressos no Mestrado e no Doutorado; ii) Seminários de Dissertação, para alunos de Mestrado no início do terceiro período de curso; iii) Seminários de Tese I e II, para alunos de Doutorado no início do quarto e do sexto período do curso, respectivamente; iv) e Estágio Docência, obrigatória para os bolsistas da CAPES. As disciplinas de Projetos e Seminários visam o acompanhamento dos trabalhos a serem desenvolvidos e em desenvolvimento pelos alunos do PPGBot, que oportunizam o aprimoramento dos seus respectivos conteúdos e a finalização das dissertações e teses em tempo adequado. Para estas disciplinas cada aluno conta com a avaliação presencial de um professor, a maioria das vezes externo ao PPGBot, especialista na linha de pesquisa da dissertação ou tese, que realiza correções e aponta sugestões para aprimorar o trabalho. Este avaliador acompanha o aluno ao longo de todo o curso e, em geral, integra a banca, na qualidade de suplente e revisor. Estas disciplinas são públicas e contam com a participação dos demais alunos na apresentação e avaliação dos trabalhos expostos, o que permite um profícuo debate acadêmico. Assim, além da função de acompanhamento, ambas as disciplinas, por reunir trabalhos com diferentes enfoques e linhas de pesquisas, não somente ampliam o conhecimento da metodologia e fortalecem a formação geral dos participantes, como promovem a formação pedagógica dos pós-graduandos e demais participantes envolvidos, numa sinergia marcadamente produtiva. De modo a estimular a publicação de artigos em veículos de maior impacto é também oferecida a disciplina Redação de Trabalhos Científicos. O PPGBot conta ainda com nove disciplinas de Tópicos Especiais que viabilizam a oferta aos alunos de conteúdos não previstos na grade curricular regular, sendo ministradas principalmente por professores convidados. Essas disciplinas enriquecem e oferecem maior flexibilidade curricular uma vez que permitem aos alunos incorporar conhecimentos de seu interesse específico que somam valor à sua formação.
A atual abrangência das disciplinas oferecidas, contemplando as diversas subáreas da Botânica, faz com que o Programa receba alunos de outros Programas da UFRJ e de outras Instituições localizadas no Estado do Rio de Janeiro, em outras unidades de federação ou em outros países americanos.