Laboratórios
Todos os docentes do Programa lotados no Museu Nacional e seus respectivos laboratórios estão instalados no prédio do Departamento de Botânica. O prédio, com total climatização, acomoda a secretaria do Departamento de Botânica, salas de alunos, 11 salas de docentes e os laboratórios de Anatomia Reprodutiva (eixo reprodutivo e estruturas secretoras associadas), Biologia Floral e Reprodutiva, Ficologia (taxonomia de algas e ecologia do fitoplâncton), Palinologia, Taxonomia de Fanerógamos, Florística e Biogeografia Insular e Montana, Taxonomia de Angiospermas e Etnobotânica, Sistemática de Bromeliaceae, Plantas Aquáticas. O laboratório de microalgas encontra-se, atualmente, instalado em um contêiner (embora não adequado para essa finalidade) próximo à secretaria da Pós-graduação. No momento, visando atender a demanda do Departamento, um pequeno laboratório de biologia molecular encontra-se em processo de instalação com apoio do Pro-equipamentos da CAPES/2014 (um termociclador e uma centrífuga refrigerada) e verba oriunda de projetos da Professora Mariângela Menezes. Os laboratórios estão equipados com microscópios ópticos e estereoscópicos, além de equipamentos básicos de cada especialidade. Destacamos que o Departamento possui para uso compartilhado: um microscópio óptico Olympus BX-51 (equipado com contraste de campo claro e escuro, DIC, epifluorescência e sistema de aquisição de imagens), um microscópio óptico Olympus HB-2 (equipado com sistema de aquisição de imagens), um microscópio invertido Zeiss Axio Observer A1 (com sistema de captura de imagens e epifluorescência), um microscópio invertido Olympus (com sistema de captura de imagens), um microscópio invertido Zeiss Axiovert 10, uma lupa Leica M205 C (com sistema de aquisição de imagens Z-stack composite), uma sonda multiparâmetros para análise de variáveis físicas e químicas de água, um radiômetro subaquático, balanças de precisão, estufas de diversos tamanhos, banho-maria, agitador magnético com aquecimento, lavadora ultrassônica, chapa aquecedora, centrífugas, câmara germinadora, capela de fluxo laminar, autoclave, destilador, knifemaker, micrótomos rotativos e ultramicrótomo. Além dos equipamentos citados, os laboratórios contam com projetores, computadores, impressoras, freezer e geladeiras. O microscópio eletrônico de varredura utilizado pelos alunos do PPGBot foi adquirido pelo Museu Nacional com o apoio da Petrobrás Ambiental.
Herbário
O prédio da Botânica abriga, ainda, o herbário do Departamento de Botânica do Museu Nacional (acrônimo R), atualmente uma das maiores coleções científicas de biodiversidade fúngica e vegetal da América Latina. O R possui aproximadamente 600.000 espécimes e mais de 7.400 tipos nomenclaturais. Oficialmente foi fundado em 1831 pelo naturalista Ludwig Riedel com o apoio de Georg Heinrich von Langsdorff. Coleções históricas no R incluem material coletado por Glaziou, Rabenhorst, Freire Allemão, Brade, Hoehne, Lutz, Riedel, Schwacke e Sellow, e coletas mais recentes como Álvaro Silveira, Sampaio, Vidal, Mello-Filho, Emmerich e Prance. A coleção ocupa todo o terceiro pavimento do prédio (área coberta de em torno de 550 m2) e o acervo encontra-se organizado em armários compactadores. A intensa atividade de alunos junto à coleção justifica a linha de pesquisa Coleções Biológicas, com o projeto “O Herbário do Museu Nacional: 180 anos de ensino e pesquisa”, onde alunos de graduação, vêm desenvolvendo seus trabalhos de conclusão de curso, muitos deles com bolsa de IC da FAPERJ. Em 2016 o herbário atendeu 227 pesquisadores visitantes, dentre os quais 160 profissionais e 67 alunos de pós-graduação de inúmeras instituições do Brasil e do exterior. Os docentes, que não são lotados no Departamento de Botânica do Museu Nacional-UFRJ, desenvolvem suas atividades de pesquisa e orientação no Departamento de Botânica do Instituto de biologia do Centro de Ciências e Saúde-CCS/UFRJ, na Faculdade de Farmácia-CCS/UFRJ, no Departamento de Botânica da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, no Departamento de Botânica da Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro, no Departamento de Biologia Geral da Universidade Federal Fluminense e no Instituto de Pesquisas Jardim Botânico do Rio de Janeiro. Nessas instituições os alunos do Programa têm disponíveis herbários, bibliotecas, microscopia eletrônica e diferentes laboratórios de pesquisa nas áreas de Biologia Molecular, Anatomia Vegetal, Sistemática e Taxonomia de Angiospermas, Taxonomia e Ecologia de Criptógamos.
Recursos de Informática
A secretaria, assim como todos os laboratórios do Programa são equipados com computadores com acesso a intra e internet através de conexão do tipo wireless, o que permite uma perfeita integração de informação, como também a utilização de notebooks, tanto pessoais como do PPGBot. A secretaria conta com dois computadores, impressora a laser (monocromática) e impressora jato de tinta (colorida). Quatro projetores (data show) além de laptops estão disponíveis para as aulas teóricas. Em cada andar do Prédio do Departamento de Botânica disponibilizamos uma impressora a laser.
Bibliotecas
A Biblioteca Central do Museu Nacional possui mais de 400 mil volumes. Vários títulos têm sido encaminhados para aquisição e em parte atendidos, com a assinatura de alguns periódicos e aquisição de novos títulos. O acervo já existente, entretanto, supre de certa forma, as necessidades de nossos alunos, destacando-se como detentor de uma das melhores (se não a melhor) coleções de obras raras em nosso país, tão necessárias para as pesquisas em taxonomia. As bibliotecas do Jardim Botânico do Rio de Janeiro, do Instituto Oswaldo Cruz e do CCS da UFRJ complementam a base de consulta dos discentes e docentes do Programa, além do importantíssimo acesso ao Portal de Periódicos CAPES. Além disso, o Programa adquiriu diversas obras recentes sobre taxonomia através da primeira Edição do Programa de Capacitação em Taxonomia do CNPq (PROTAX) e que se encontram sob a responsabilidade dos docentes do Museu Nacional que atuam na área.
Sala de Estudo
Espaço reservado para atividades dos alunos com computadores e equipamentos óticos.
Sala de Aula
Espaço reservado para atividades didáticas.